Non si conosce la data in cui Amelia divenne Comune, ma si sa con certezza che nel 1065 combatté una guerra di comuni a fianco di Todi e Foligno contro Perugia. Orvieto e Gubbio, ciò dimostra una sua già consistente organizzazione comunale. Preposti alla reggenza del Comune in quell'epoca erano i Consoli (due o quattro),che venivano eletti tra gli uomini più rappresentativi (Optimates). Nel 1208 innanzi all'abbazia di S.Secondo in Amelia fu stipulato un contratto di pace con Todi, che i Todini interpretarono sempre come un vero atto di sottomissione, tanto che successivamente in diverse occasioni, Todi manifestò una ricorrente ambizione di voler tenere sotto controllo Amelia, sopratutto per motivi politico-commerciali legati alla Via Amerina. Nell'ambito della lotta tra Papato e Impero, a causa della propensione che dimostrava nei confronti della Santa Sede, Amelia dovette subire un saccheggio ad opera delle truppe di Federico II (1240). Con questa calamità iniziò il declino di Amelia ed il suo coinvolgimento nelle dispute tra Guelfi e Ghibellini, mentre permanevano costanti i tentativi dei Todini di imporre la loro supremazia. Papa Alessandro IV, in suo breve al comune di Todi, cosi si esprimeva : " Non abbiamo dimenticato quanto faceste alla città di Amelia, che spopolaste contro la nostra inibizione, anzi in nostro obobrio " (Arch. di Todi ). Verso la metà del secolo XIV la politica della città fu influenzata dal Cardinale Egidio di Albornoz; egli riuscì a togliere diversi e gravosi oneri che Amelia aveva nei confronti di Todi ed operò ritocchi sulle riforme di quel periodo, conservate nell'archivio del Comune insieme ad altri codici ed agli Statuti, esempi mirabili di arte legislativa che dimostrano come fosse stato reso funzionale l'ordinamento comunale. La fine del XIV secolo e l'inizio del XV vedono Amelia attraversare un periodo di carestia tremenda, i cui effetti erano aggravati dai tributi imposti da Roma e dai taglieggiamenti operati da diversi Capitani di Ventura, per cui si ebbe un forte incremento dell'esercizio dell'usura ed un pesante impoverimento dell'economia cittadina. l'11 novembre 1417 fu eletto Papa, il Cardinale Ottone Colonna (Martino V), il quale avendo frequentato in precedenza Amelia e avendo nei confronti della stessa una sorta di simpatia confermò i suoi privilegi verso la città la quale da ciò confortata iniziò a riprendersi. Nel 1426 S.Bernardino da Siena predicò in Amelia contro la bestemmia e l'usura. Amelia, pur condizionata essenzialmente dallo Stato della Chiesa, continuava con alacrità a difendere i criteri di autonomia e di liberta comunale incoraggiata dagli auspici favorevoli di un illustre amerino, assurto ai vertici della carriera ecclesiastica, Mons. Angelo Geraldini. Nel 1476 Papa Sisto IV, allontanandosi da Roma dove infieriva la peste, fu ospitato in Amelia dai Geraldini a spese del Comune. Risale a questo periodo inoltre la vita e le opere di Pier Matteo, il pittore sicuramente più illustre della città, al quale si attribuisce l'affresco della parete principale della cappella Sistina di Roma e il dipinto dell'Annunciazione Gardner, attualmente conservato a Boston.